Base das operações: País do Rio [Kawa No Kuni].
Classificação: Organização criminosa.
Membros aparentes: Uchiha Itachi, Hoshigaki Kisame, Orochimaru (Ex-membro), Sasori, Deidara, Zetsu, Tobi, Hidan, Kakuzu.

  A organização é constituída por nove ninjas perigosos Rank-S (todos foram expulsos ou fugiram de seus vilarejos). Acredita-se que os membros dessa organização andem em duplas. Seu esconderijo secreto se localiza no País do Rio. Eles são ninjas poderosos e especialistas em espionagem.

Base das operações: Pais do Fogo [Hi No Kuni].
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Uchiha Fugaku, Uchiha Yashiro, Uchiha Tekka, Uchiha Inabi.

  Originalmente fundada pelos ancestrais do Clã Uchiha, a Corporação da Policia Militar de Konoha é responsável por manter a paz na cidade. Mas ela não existe mais, devido ao extermínio do clã pelo próprio membro, Uchiha Itachi.

Base das operações: Pais do Fogo [Hi No Kuni].
Classificação: Organização de saúde.
Membros aparentes: Kaori, Tsunade (Ela acompanha a maioria dos casos, envolvendo os genins da vila).

  Servindo como ponto de recuperação da vila, o Hospital de Konoha ajuda ninjas ou civis que foram feridos e vivem no vilarejo.

Base das operações: Vila da Folha.
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Hatake Kakashi (Ex-Membro), Yamato, Uchiha Itachi (Ex-Membro), entre outros...

  Equipe especial, eles estão sobre o comando direto do Hokage. Normalmente andam com uma máscara no rosto. A ANBU é especializada em investigar, questionar e torturar. A identidade de seus membros é mantida em segredo, utilizando apenas nomes falsos, como é o caso de Yamato.

Base das operações: Vila da Folha.
Classificação: Organização.
Membros aparentes: Danzou, Sai.

  Há muito tempo atrás na vila de Konoha, enquanto a ANBU estava sendo controlada diretamente pelo Hokage, havia também um departamento de treinamento ANBU conhecido como Ne (Root, = Raiz), criado e comandado por Danzou. Como Danzou participava de muitas guerras e era totalmente oposto ao Sandaime, a ANBU Ne foi desfeita. {spoiler}Muitos membros ainda permanecem fiéis à Danzou, como Sai, substituto de Uchiha Sasuke no time 7.{spoiler}
  Seus ideais são: "Em Ne você não tem nome, você não tem sentimentos. Você não tem passado, você não tem futuro. O que você tem, é a sua missão. Que suporta a grande árvore de Konoha, nossa organização é chamada                                                                                                                            armas ninjas

Kunai: 

Uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma faca, ultilizada tanto para ataque, como para defesa. Pode ser usada também como ferramenta, como por exemplo, escalar montanhas. São pequenas e têm apenas uma ponta, saindo em linha reta quando atiradas.

Shuriken:

Também é uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma estrela. São muito usadas como distração, pois o reflexo das luzes no metal confundia o inimigo, e em ataques a distância.

todos os ninjas da série conseguem usar esses projéteis, seja para distrair o inimigo ou para tentar acertá-lo. Fora essas “estrelas ninjas” usadas de forma tão displicente, também nos são apresentadas outros tipos de shuriken, ao longo da série.

fuuma shuriken:

Um shuriken em tamanho maior e muito mais forte. Quando não está em uso, ela fica fechada em apenas uma peça, em uso, poderá ser aberta, apresentando, assim, 4 peças. também conhecida como “Shuriken do moinho das sombras”, “Boomerang japonês” ou “Moinho da morte”, Aparentemente, Uchiha Sasuke é um mestre no manejo dessa arma, mas é Uzumaki Naruto quem mais a utiliza ao longo da série (principalmente nos jogos lançados pela franquia).

Kunai de três pontas:

Apesar de não ser o modelo padrão, essa kunai não é assim tão diferente das outras. Sua lâmina se divide em três pontas, como um tridente, sendo a lâmina central maior que as laterais. Além de não perder sua função ofensiva, esta kunai é muito útil para defesa já que suas pontas menores funcionam como a guarda-mão das espadas. Namikaze Minato (Yondaime Hokage) usava esse tipo de kunai.

Kunai invertida:

Também conhecida como kunai curvada, é mais larga que a comum e curvada na ponta. Não serve para ser disparada em direção ao alvo, em contrapartida possui um corte mais preciso, sendo uma ótima escolha em combates mais próximos. Utilizada por Yakushi Kabuto que por se tratar de um ninja médico, pode adaptá-la como ferramenta cirúrgica.

Kunai gigante:

Assim como a shuriken gigante, esse tipo de kunai é apenas uma versão enorme da kunai normal com um orifício no centro aparentemente que serve de suporte devido ao seu tamanho. Izumo e Kotetsu(que estao na foto ai em cima) usam essa arma contra Hidan, esta kunai apresenta uma pequena desvantagem por necessitar que o usuário ocupe as duas mãos para manuseá-la com agilidade, e diferente da kunai convencional, esta não é eficaz para ser arremessada.

Ninjaken:

Arma característica dos membros da ANBU, as ninjaken (ou shinobigatana) são espadas menores que uma katana (típica espada japonesa) e maiores que uma wakizachi.

Senbon:

São agulhas compridas e metálicas, usadas como projéteis. Vários personagens da série já foram vistos usando esse tipo de arma: Shizune cuspiu algumas na luta contra Orochimaru e Kabuto; Sasori jogou milhares e milhares de senbons envenenadas em Chiyo e Sakura; Genma, o jounin que fiscalizou a fase final do Chuunin Shiken, carrega sempre uma senbon na boca. No entanto, o personagem que levou sua habilidade com senbons ao máximo foi Haku, graças ao grande conhecimento que o garoto tinha da anatomia humana e sua capacidade de criar agulhas de gelo. Haku conseguiu fingir que havia matado Sasuke e Zabuza, enquanto na verdade havia desviado propositalmente dos pontos vitais. Quem usa: Haku, Tsunade, Shizune, Genma Shiranui entre outros.

Makibishi:

São pequenos objetos com três pontas afiadas que são largadas no chão, permanecendo sempre uma das pontas para cima. Usado pelo ninja como tentativa de retardar os oponentes que o segue. Esta arma foi inventada porque no Japão, os calçados comuns, conhecidos como zori, eram feitos de palha, oferecendo pouquíssima proteção contra este tipo de armadilhas. As makabishi são muito comuns no jogo "Naruttimate Hero" para PS2. Quem usa: vários.

Selos explosivos:

São folhas de papel que explodem pelo contato ou por ativação remota através do “Selo Explosivo: Ativar” (“Jibaku Fuda: Kassei”). Utilizados das mais variadas formas, selos fazem parte de armadilhas ou técnicas de distração. Podem ser lançados no ambiente de batalha em kunais, e até mesmo no inimigo. As tarjas explosivas são mais utilizadas por ninjas que se apóiam em estratégia, como Nara Shikamaru e Haruno Sakura.

Chaveiros esplosivos:

Se parecem com um pequeno saquinho amarrado por um curto fio, tem uma isca que se prende ao alvo explodindo alguns segundos depois. Quem usa: Uchiha Sasuke.

Bomba de fumaça:

Essas bombas, ao explodirem, liberam uma grande quantidade de fumaça roxa, confundindo o inimigo. Muito usadas em fugas. Quem usa: vários.

Zambatou:

É a enorme espada usada por Momochi Zabuza e, posteriormente, Suigetsu. A “zambatou” (“espada que corta cavalos”) é mais comprida e larga do que uma espada normal, e por isso requer do usuário bastante força e habilidade. A maioria dos Sete Espadachins da Névoa usavam espadas igualmente grandes, como é também o caso de Kisame.

Semehada:

 O nome significa, literalmente, “couro/pele de tubarão”, numa referência clara às escamas largas e afiadas que a espada tem por baixo das faixas que a envolvem. Tão grande quanto a zambatou de Momichi Zabusa e ainda mais perigosa, a samehada é a arma de Hoshigaki Kisame e, aparentemente, só pode ser empunhada por ele. Tem a exótica habilidade de sugar chakra quando entra em contato com alguém, mesmo que só de raspão. Seu objetivo principal não é cortar, e sim somente raspar.

chakra blades:

As lâminas gêmeas utilizadas por Sarutobi Asuma, semelhantes a um soco-inglês com lâminas em uma das pontas, conhecida no Japão como Aian Nakkuru, são feitas para combate a curta distância. No entanto, o metal da arma consegue conduzir o chakra natural do dono, prolongando o alcance do golpe, enganando os inimigos. Asuma as empunha uma em cada mão.

Tonfa de madeira:

 Rock Lee usa essa arma durante a luta do time Gai contra Hoshigaki Kisame. Não vimos o que pode ser feito com ela, já que a samehada despedaçou os bastões rapidamente.

Leque gigante:

 Arma característica de Temari, o leque gigante de ferro pode ser utilizadoaberto ou fechado, dependendo da proximidade do combate. Existem três bolas roxas desenhadas no leque, uma para cada folha de ferro, indicando o nível de força que Temari impõe nos ataques. A kunoichi consegue utilizar os mais variados jutsus de Fuuton através do leque. Além dos ataques que podem ser desferidos com o leque, Tenmari consegue pairar no ar posicionando-se acima do objeto.

Pergaminhos:

 São utilizados para vários propósitos, como invocações, jutsus médicos, jutsus em geral, aprisionamentos, etc... Os pergaminhos são muito úteis, pois economizam muito espaço. Quem usa: Kankuro, Chiyo e Sasori, entre outros.

Jouhyou:

 Arma que Matsuri escolhe aprender a usar quando Gaara começa a treiná-la. É um dardo preso a um fio, que pode ser usado para prender inimigos ou defender ataques. Foi mostrado durante o último arco filler do anime.

    Marionetes:

 Constituem as armas principais do Kugutsu, estilo de luta usado por Sasori, Chiyo e Kankurou, todos de Sunagakure no Sato – aparentemente, são técnicas tradicionais dessa vila. Os bonecos são feitos de algum material resistente e são repletos de armas, veneno e lâminas embutidas. Sasori menciona que a habilidade de um mestre de marionetes está na quantidade de bonecos que se consegue controlar ao mesmo tempo. Mestres nesta arte conseguem ainda manipular outros ninjas ou pessoas como marionetes através das linhas de chakra.

Bastão:

 Sarutobi usa seu animal de invocação, Enma, como um bastão que muda seu comprimento e largura de acordo com a luta.

Nunchaku:

 São bastões unidos por uma corrente, que exigem uma certa habilidade para ser usada. Esse tipo de arma foi usada por Maito Gai na luta contra a cópia de Kisame Hoshigake quando estavam indo em direção ao escoderijo da Akatsuki. Segundo o Time Gai, Maito Gai só utiliza essa arma quando o inimigo é muito poderoso.

Arsenal de armas: